Auf der Flucht vor der alles verwüstenden Reblaus, die die französischen Weinberge befallen hatte, liess sich das Haus Savignon Frères et Cie. 1859 in dem historischen Bahnhofsviertel der Stadt Haro nieder. Im Unterschied zu den anderen Weinhändlern, die lediglich einen regulären Handel mit Rioja-Weinen nach Frankreich etablierten, beschloss Savignon Frères in Spanien zu bleiben, um den Weinherstellungsprozess vom Anfang bis zum Ende überwachen zu können.
Obgleich die meisten seiner Weine für den französischen Markt bestimmt waren, errichtete das Haus Savignon Frères eine Weinkellerei und stellte seine Weine in Spanien her. Nach vier Jahrzehnten, als die Reblaus in Frankreich so gut wie besiegt war, beschloss Savignon Frère seine Tätigkeit in der Rioja aufzugeben und seine Installationen in Haro zum Verkauf anzubieten. Zu dieser Zeit interessierte sich eine Gruppe von Unternehmern aus Bilbao für den Erwerb der Weinkellerei und kurz nachdem der Kauf zum Abschluss gekommen war, wurde die Bodega Bilbaínas im Jahre 1901 gegründet. Die Weinkellerei nahm ihre Arbeit wieder auf und setzte sich neue Ziele in der Erzeugung ihrer Weine. Zu diesen gehörte unter anderen die vermehrte Herstellung von Schaumweinen, mit deren Erzeugung man Ende des 19. Jahrhunderts begonnen hatte. In nur wenigen Jahren konsolidierte sich die Bodega Bilbaínas als Bezugsmarke für Rioja-Rotweine, und zwar soweit, dass ihr Crianza-Wein Ederra zum täglichen Genuss im Schloss des Königs Alfonso XIII. bestimmt wurde. 1925 wurde die Bodega Bilbaínas mit dem Titel »Lieferant des Königshauses und Kronengüter« ausgezeichnet. 1997 übernahm die Firmengruppe Codorníu die Installationen und Weingärten der Bodega Bilbaínas und setzte eine tief greifende Renovierung der Weinkellerei in Gang und zwar sowohl im Weinbau als auch in der Architektur.
Die ersten Investitionen galten den Weingärten, wo von der Gobelet-Erziehungsform der Weinreben zur Spaliererziehung übergegangen wurde, um die verwendeten Rebsorten zu verbessern. Auch die Installationen der Weinkellerei wurden ausgebaut und erneuert. Der Erwerb des Weinguts Bodegas Bilbaínas durch die Codorníu-Gruppe im Jahre 1997 bedeutete eine wichtige Wende im Ansehen für die Weinkellerei in der Rioja. Die Renovierungsarbeiten des Geländes der Bodegas Bilbaínas wurden mit dem Bau eines Pavillons begonnen, in dem die Weinlese empfangen, gepresst und gegärt wird. Einige Monate später wurde ein Keller für den Weinausbau in Barriques gebaut. Zu Beginn des Jahres 2000 wurden die Umbauarbeiten des alten Weinkellers unter der Leitung des Architekten Domingo Triay aufgenommen. Nachdem man das alte Gebäude, das sich am Eingang des Geländes befand, abgerissen hatte, wurde ein unterirdischer Gang mit Betonwänden gebaut, über den man Zutritt zu dem alten französischen Weinkeller hat, dem sogenannten Savignon. Die Weine sind klassischen Zuschnitts. Das Rebsorten-Portfolio umfasst Tempranillo, Garnacha, Mazuelo und Graciano bei den roten Sorten und Viura, Malvasía und Garnacha Blanca bei den weissen. Die Böden sind aus kalkhaltiger Tonerde, eisenhaltiger Tonerde und es gibt sogenannte Alluvialböden, die Schwemmlandböden des Ebro. Das Rebland umfasst insgesamt 250ha. Der Ausbau der Weine erfolgt ausschliesslich in Barriques.